Jabatan ini beroperasi semenjak tahun 1976 dengan nama asalnya Jabatan Pelaksanaan Projek Khas, memainkan peranan penting dalam pembangunan di Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur terutama sekali di dalam membangunkan projek-projek perumahan awam di kawasan Cheras, Lembah Pantai, Gombak, Sentul, Setapak Jaya dan kawasan berhampiran dengan Pusat Bandar 1.

Berikutan dengan penyusunan semula organisasi DBKL, pada tahun 1989 hingga 2005 nama jabatan ini ditukarkan kepada Jabatan Arkitek dan Projek Khas (JAPK). Jabatan ini mengintegrasikan disiplin arkitek, ukur tanah, kejuruteraan awam, kejuruteraan struktur dan kejuruteraan elektrik dalam melaksanakan projek-projek pembangunan dan penyelenggaraan bangunan.

Pada tahun 1997, Unit Pengekalan dan Seni Bandar dari Jabatan Perancang dan Kawalan Bangunan telah diserapkan ke Jabatan ini dan pada Jun 2000, tugas JAPK diperluaskan lagi dengan pengambilan alih semua tugas-tugas penyelenggaraan bangunan-bangunan DBKL seperti kuarters, kompleks sukan, pasar, bangunan Ibu Pejabat DBKL, panggung DBKL lama serta penyelenggaraan dan penggunaan Dataran Merdeka.

Selain terlibat dengan perlaksanaan projek-projek DBKL sendiri, Jabatan ini juga terlibat dengan projek-projek di bawah Kerajaan Pusat dan Negeri seperti Projek Perumahan Rakyat (PPR), Kompleks Sukan dan Stadium, Pusat Komuniti, Kompleks Penjaja, Pasar, Masjid, Surau, Tanah Perkuburan, padang dan lain-lain lagi.

Pada tahun 2005, nama Jabatan Arkitek dan Projek Khas ditukarkan kepada Jabatan Arkitek.

Berikutan penyusunan semula organisasi DBKL pada 15 Julai 2011, jabatan ini telah digabungkan dengan bahagian penyelenggaraan perumahan awam dan dinamakan Jabatan Pelaksanaan Projek dan Penyelenggaraan Perumahan Awam. Seterusnya pada tahun 2012, Unit Penyelenggaraan Perumahan Awam telah dikembalikan ke Jabatan Pengurusan Perumahan dan Pembangunan Komuniti menjadikan nama jabatan ini ditukar kepada Jabatan Pelaksanaan Projek dan Penyelenggaraan Bangunan (JPPPB) dan ianya kekal sehingga kini.

Selain daripada di atas, untuk memantapkan lagi urusan pelaksanaan projek dan selaras dengan Pelan Strategik ICT DBKL, jabatan telah menggunakan sistem Pengurusan Rekod Elektronik Dewan Bandaraya Kuala Lumpur iaitu pengurusan maklumat secara maya dalam semua aspek penyampaian dan storan dokumen seperti surat-surat, lukisan dan laporan. Sistem Adu@DBKL pula digunapakai untuk aduan-aduan yang melibatkan kerja-kerja penyelenggaraan fasiliti hakmilik Datuk Bandar Kuala Lumpur.